La branche des Gouyon de La Moussaye née à la suite du mariage en décembre 1506 de Guy Gouyon du Launay (descendant d’Étienne de Gouyon Matignon, maréchal et amiral de Bretagne) et Gilette de La Moussaye (famille issue de la maison de Penthièvre). Les Gouyon de La Moussaye sont connus en Bretagne, aux seizième et dix-septième siècles, pour être de fervents protestants ; en effet, l’arrière-petit-fils de Guy Gouyon du Launay, Charles Gouyon de La Moussaye (1548-1593), s’est converti au protestantisme.

Amaury III Gouyon de La Moussaye est le petit-fils de Charles Gouyon de La Moussaye. Né au début du dix-septième siècle (vers 1601), il est une figure du protestantisme « au point de devenir, sous Louis XIV, le pilier de la rébellion dans la Province ». Il épouse en avril 1629 Henriette-Catherine de La Tour d’Auvergne, sœur de Turenne et fille du prince de Sedan et duc de Bouillon Henri de La Tour d’Auvergne.

En janvier 1638, Amaury III achète le comté de Quintin à son beau-frère Henri « duc de La Trémoille » ; il demande à l’architecte Gabriel Androuet du Cerceau de construire, dès 1643, un château à l’entrée de la ville, rétablit le prêche à Plouër et donne des terrains pour construire un temple et installer un cimetière près de Dinan. En 1654, Anne d’Autriche et Mazarin nomment Amaury III gouverneur de Rennes ; le parlement, soutenu par le clergé et le peuple, refuse d’enregistrer cette nomination.

Amaury III obtient de Mazarin l’autorisation de réunir un synode, en août 1658, au château de La Moussaye ; une église réformée, dont le premier pasteur est Pierre Vincent, est créée dans la forêt de Quintin. En mai 1662, Henri, l’un des fils d’Amaury III, épouse Suzanne de Montgomery. En juillet 1663, le temple de La Moussaye est détruit et en avril 1664, le temple de Plouër est détruit. Amaury III Gouyon de La Moussaye meurt au château de Quintin en novembre 1663.