L’origine du nom Gouyon n’a pu être précisément déterminée. Il pourrait s’agir du breton « gwenn » (blanc, pur…) ou, plus vraisemblablement (voir A dictionary of English and Welsh surnames, with special American instances), du normand « Wyon » (le « w » normand se prononçant « g » ; voir Guillaume, francisation de William).
Wyon, diminutif de « Guion » ou « Guyon », signifie « fils de Guy » (comme Marion signifie « fils de Mary ») ; notons que Jules Michelet, dans Histoire de France au Moyen Âge (Des origines à 987), écrit « petit Gouyon » ou « Gouyon » pour désigner la figure mythologique de Gwyon Bach.
L’orthographe du nom, fluctuante, est notamment passée de Gobio à Goio, puis Goion, Goiun, Gouëon, Goyon, Gouyon… Les La Bouëtardais, branche de la famille Gouyon éteinte à la fin du dix-septième siècle, utilisaient Gouëon et les Hénon et Plaintel (rameau issu des Kerilan, autre branche de la famille), utilisent Goyon.
Une légende, malheureusement basée sur un faux (voir Extrait abrégé des vieux mémoriaux de l’abbaye de Saint-Aubin-des-Bois en Bretagne), a fait remonter la filiation des Gouyon jusqu’au quatrième siècle ; il y est aussi question d’un Guillaume qui aurait combattu les Normands avec Alain II de Bretagne.
Les premiers Gouyon mentionnés dans les chartes de Bretagne, à partir du onzième siècle, se trouvent en Ille-et-Vilaine (Pays de Dol, Clos-Poulet…) et dans les Côtes-d’Armor (pays de Dinan).
Dans Histoire de Bretagne composée sur les titres & les auteurs originaux de Dom Lobineau, un Eudes Goion (« Eudonis Gobio ») est témoin en 1075 de donations faites à l’abbaye du Mont-Saint-Michel puis, vraisemblablement la même personne (« Eudo Gobio »), garant vers 1080 de la possession des biens appartenant au prieuré de Combourg. Un Guillaume Goion (« Villelmus Gobio ») est témoin vers 1080 de donations faites à l’abbaye Saint-Florent-de-Saumur. Un Renaud Goion (« Rainaldus Goio ») est témoin en 1080 d’une donation faite à l’abbaye de Saint-Aubin d’Angers. Dans la seconde moitié du douzième siècle, deux Goion (« Oliverius Gobio » et son frère « Petrus Gobio » ou « Petrus Goion ») sont cités.
Dans Mémoires pour servir de preuves à l’Histoire ecclésiastique et civile de Bretagne de Dom Morice, un Guy Goion (« Guido Gobio ») est cité vers 1070 dans l’acte de fondation du prieuré du Pont à Dinan. Un Olivier Goion (« Oliverius Gwion ») est témoin en 1148 d’une donation faite à l’abbaye de Boquen. Un Guy Goion (« Guidone Goion ») est cité en 1155 comme l’un des seigneurs ayant combattu à la bataille de Rezé. Vers 1160, une petite-fille d’un Goion (« W. Goion »), fille d’un Robert Goion (« Roberti Goion ») et femme d’Adam de Hereford, est citée. Un Étienne Gouyon (« Stephani Goiun » ou « Stephano Goiun »), vraisemblablement lié à Étienne Gouyon (premier de la filiation suivie), est cité en 1182.
Dans Anciens évêchés de Bretagne, histoire et monuments de Jules Geslin de Bourgogne, un Olivier de Matignon (« Ol. de Matignon » ou « Oliverius ») est cité en 1208 comme fondateur du prieuré de Saint-Gallery. Étienne Gouyon (« Stephanus Goion »), sa femme Luce (« Lucie ») et leurs enfants Alain (« Alani »), Étienne (« Stephani »), Jean (« Johannis »), Hugues (« Guegoni ») et Geoffroy (« Gaufridi »), à partir de qui la filiation est suivie, sont cités en 1212 dans un acte (donation à l’abbaye de Boquen) fait à Matignon (« Mathinnhum ») ; l’histoire des Gouyon Matignon a commencé.