Militaire et homme politique, conseiller de cinq rois (Henri II, François II, Charles IX, Henri III et Henri IV) et d’une reine (Catherine de Médicis), c’est avec Jacques II (1525-1597) que la famille Gouyon Matignon se propulse dans les premiers cercles de la noblesse de France. Né en septembre 1525 au château de Lonrai (Orne), il est le fils de Jacques de Gouyon Matignon et d’Anne de Silly ; il est le neveu de Joachim de Gouyon Matignon (1496-1549), mort sans postérité, connu pour avoir fait construire le château des Matignon à Torigni (sur les bases de l’ancienne forteresse construite par Robert de Gloucester, bâtard du roi Henri I d’Angleterre).

Sa mère lui fait donner une éducation très soignée : Jacques II est élevé comme enfant d’honneur du dauphin, le futur Henri II. Il commence jeune une brillante carrière militaire en participant, en 1547, à la conquête des Trois-Évêchés (Metz, Toul et Verdun) contre les troupes de Charles Quint. En 1549, à la mort de son oncle Joachim, il devient sire de Matignon. En 1558, il épouse Françoise de Daillon (seigneurs du Lude). En 1565, il obtient l’érection de Torigni en comté. Participant aux combats des premières guerres de religion, il empêche, en août et septembre 1572, le massacre des protestants de Saint-Lô et Alençon.

En 1574, en Basse-Normandie, Jacques II de Gouyon Matignon combat et arrête Gabriel de Lorges, comte de Montgomery, l’un des chefs du clan protestant. En 1576, il achète à l’évêque Arthur de Cossé la baronnie de Saint-Lô et en 1578, il est fait gouverneur de Cherbourg et Granville. En 1579, Henri III lui confère la dignité de maréchal de France ; quelques mois plus tard, il est fait chevalier de l’ordre du Saint-Esprit (ordre de chevalerie le plus prestigieux). En 1584, Jacques II de Gouyon Matignon, gouverneur de Guyenne, confie à Louis de Foix la construction du phare de Cordouan (estuaire de la Gironde) ; en 1585, il devient maire de Bordeaux (succédant à son ami Michel de Montaigne).

En 1594, Jacques II remplit les fonctions de connétable de France au sacre de Henri IV à Chartres. Son troisième fils, Charles de Gouyon Matignon (1564-1648), né au château des Matignon à Torigni (sur lequel serait intervenu François Gabriel, « architecte de Monseigneur le Mareschal de Matignon »), épousera en février 1597 Léonore d’Orléans (fille du duc de Longueville Léonor d’Orléans et de la duchesse d’Estouteville Marie de Bourbon-Saint-Pol) ; les Gouyon de la branche aînée deviennent ainsi princes du sang de France (les Longueville ayant été titrés par le roi Charles IX en avril 1571). En juillet 1597, celui que Brantôme qualifie de « très fin et trinquat normand », meurt dans son château de Lesparre (Gironde).